美国智库和学者也纷纷发声。有呼吁鸠山从战略层面、政治层面考虑同盟关系的，也有奉劝奥巴马政府更加耐心的。2010年12月16日，美国传统基金会(Heritage Foundation)发表报告，批评鸠山政府过多考虑国内政治，要求日方负起地区与全球的安保责任。但美国媒体和学者也建议美国方面不要操之过急，不要对鸠山政府过度施压。2010年，《华盛顿邮报》发表题为《奥巴马政府对日本是否过于强硬了？》的社评，其中说，鸠山虽然在基地搬迁问题上举棋不定，但他毕竟还是保证承担同盟义务的，不像有的小党那样要让所有美国军队撤出日本。“奥巴马政府避免严厉的措辞，并给他一些空间是明智的”，“再给他一点时间吧”。(45)2010年1月7日，约瑟夫•奈也致书《纽约时报》说，在鸠山面临着内外压力的情况下，美国需要更大耐心，并从更高战略层面来对待日本，不要因小失大。美国的过度压力只会引起日本民众的反美情绪，让美国付出惨重代价。(46)在冲绳施政权归还40周年之际，美国国务院还特地发表声明，表示“我们认识到美军基地对冲绳的影响，会着手解决问题”，强调会继续采取措施减轻基地对冲绳的负担。(47)
另一问题是日本对待中国的态度。2007年9月到2008年9月，福田康夫任首相。20年前，福田康夫的父亲福田赳夫任首相期间，发表了被称为“福田主义”的政见，认为日本外交不应该以日美关系为中心进行被动调整，而应持有更开阔的视野，尤其要加强与亚洲国家的关系，承认民族多样性，以对等立场进行合作；支持东盟强化自主性；他还承诺日本不做军事大国。(48)正是在他任内，1978年10月邓小平访问日本，两国签订了《中日和平友好条约》。福田康夫深受其父影响。在他当政的一年中，中日关系明显改善。2008年5月，胡锦涛主席对日本进行了成功的访问，双方发表了《中日关于全面推进战略互惠关系的联合声明》(中日第四个政治文件)。(49)2009年9月，鸠山由纪夫当政后，在与中、韩领导人接触时多次提及东亚共同体的建设，以区域经济一体化为基石，通过自由贸易区、经济共同体、货币联盟等形式，进一步发展为安全共同体和社会共同体，最终形成与美国、欧盟并列的第三极。美方对此提议表示强烈不满。助理国务卿库尔特•坎贝尔(Kurt Campbell)立即表示，在任何亚太地区的一体化进程中都不能排除美国。正是在美日就普天间机场搬迁问题吵得不可开交之时，12月10日，民主党干事长小泽一郎率领包括143名民主党籍国会议员在内的庞大的代表团访问北京，受到胡锦涛主席的接见。不仅如此，小泽的心腹、国会对策委员长山冈贤次14日在上海出席研讨会致辞时也提出，应强化日中关系，以利发展“日美中等边三角形关系”。(50)
美日之间还存在其他一些问题。首先是朝核问题。在此期间，关于朝核问题的六方会谈正在进行。2005年9月发表了各方的《第四轮六方会谈共同声明》，美朝双方表现出明显的和解倾向。日本关注“绑架问题”，每次会议必提此事。美国主管六方会谈的助理国务卿克里斯托弗•希尔(Christoph Hill)一再批评日本代表提出绑架问题，双方对对方都有不满。(51)日本媒体认为美国做出了令人难以置信的让步，日本政府内部开始有人怀疑美朝背着日本做交易；第二是日本阁僚对美国发动伊拉克战争的批评。2007年1月刚刚上任的日本防卫大臣久间章生在24日的一次讲话中批评布什政府发动伊拉克战争“是一个错误”。几天后，他在谈到普天间机场的搬迁问题时又批评美国态度傲慢，称美国“完全不理解”“我们必须与冲绳地方官员进行良好合作”这样的基础工作的重要性。(52)久间言论当然引起美国不满，美国副总统迪克•切尼(Dick Cheney)2月访日时拒绝会见久间章生；第三，安倍上任后随即访问了中国与韩国，后又出访非洲和东南亚国家，而对美国的访问被安排在上任七个月之后。第二次世界大战以后日本首相上任后的首次出访选择美国已经成为惯例，具有向美国“报到”的意涵。安倍破了在这个惯例，不仅如此，而且在他上任七个月之内，日本的外务大臣、防卫大臣均未访美。安倍希望改变完全依赖美国的外交格局的这些举动令美国不安和不满。
这样，从布什政府的后期到奥巴马政府前期，尤其是在日本民主党首相鸠山、菅直人任内，美日关系又因为普天间机场的搬迁问题、日本国内的民族主义情绪、民主党政府对美态度的变化等因素变得磕磕绊绊。奥巴马当政以后，迅速结束了伊拉克战争和全球反恐战争，并决定结束阿富汗战争，把战略重心东移到亚太地区，2011年11月，奥巴马政府正式提出了亚太再平衡战略，表现了确保美国在亚太地区主导权的强烈意图。加强美国的同盟体系是确保以美国为轴心的安全结构的关键。美日同盟的这种“漂流”显然与美国的再平衡战略很不协调。奥巴马政府急需把美日同盟体系纳入到美国亚太新战略的轨道，赋予日本和美日同盟新的重要角色。正如副国务卿威廉•伯恩斯(William Burnes)所说，“毫无疑问，我们与日本的同盟条约是我们的战略转向亚太地区的支点”。(53)在美国实力相对下降的时候尤其如此。
美国“知日派”对美日同盟的“漂流”感受更为强烈。2012年8月，以阿米蒂奇和约瑟夫•奈为首的研究团队再度发布报告，即第三个《阿米蒂奇报告》。报告一开始就毫不掩饰对同盟关系在民主党首相任内的“漂流”表示不满，以教训的口吻说，现在该是日本做出决定的时刻：它是要继续做第一流国家，还是心甘情愿沦为第二流国家。如果日本人民和政府觉得第二流挺好，那么这个报告就没有什么用了。报告对双方因普天间机场搬迁问题的争执批评说：“结果是，一个第三等的问题，海军陆战队的一个机场这样的问题占用了本来可以用来规划今后几十年中武装力量的最佳结构的时间和政治资本”。报告分析了亚太形势，朝鲜发展核武器和中国的复兴，分析了日本所面临的问题，尤其是在2011年3月日本东北部大地震和福岛核电站事故后的能源和核能问题，就如何加强美日同盟，两国政治、安全、经济和其他方面的关系，包括加强在双边军事演习中的合作，联合开发、生产和部署先进武器，导弹防御系统等提出了诸多具体建议。如同以前的报告一样，该报告也呼吁解禁集体自卫权，指出，禁止使用集体自卫权阻碍了在必要时最大限度发挥同盟的潜力，遇到需要保卫日本利益的最严重情况时，两国军队不能共同防卫日本。报告最后强调：
日本正处在一个重要的关键点上。在这个具有重要战略意义的时刻，日本有能力在自满自足和领导作用之间作出抉择。“错过了这个机会”日本将再也不会有同样的机会来帮助引导地区的命运。如果选择领导作用，日本将能确保一流国家的地位，以及它在同盟中作为平等伙伴必须起到的作用。(54)
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