九一一恐怖主义袭击后，日本以异常鲜明的态度支持美国反恐，并采取了十分积极的行动。(32)2001年9月19日，小泉宣布实施援美反恐的七项措施。10月18日和29日，日本众参两院迅速通过政府提出的《恐怖对策特别措施法》等三个法案，12月7日，日本国会又通过《联合国维和活动合作修正案》，使日本突破了《和平宪法》关于直接参与海外军事行动的禁令，放宽了日本向海外派兵和自卫队使用武器的范围，为日本派遣自卫队向在阿富汗作战的美军提供后勤支援扫清了法律障碍。随后从2002年4月到2003年3月仅仅不到一年之内，小泉内阁又连续制定近10个与美国反恐战争相关的国内法案，将对美国的支持具体化，同时借此继续扩大自卫队的权限，使自卫队获得了第二次世界大战以后最大的活动空间。

2003年3月伊拉克战争打响后，小泉又积极配合，日本相继成立了《应对武力攻击事态法》等“有事法制”的三项立法。这些法律依据布什“先发制人”的理论规定，只要预测到存在被武力攻击的危险，日本就可以出动自卫队进行防卫作战；在发生紧急情况时，首相可以不经过安全保障会议和内阁会议直接调动自卫队、警察和地方政府力量。以此为依据，2004年2月，小泉政府正式将550名全副武装的陆上自卫队队员派往伊拉克战区，这是日本应美国要求首次向战争发生地区派兵，是第二次世界大战结束以来日本在海外派兵问题上的重大突破，也是美日同盟关系的重大突破。③

在上述合作过程中，美日两国实际上建立了联合武装干预地区安全事务的新体制，这符合双方的利益。美国的主要目标是保持在这一地区的主导地位，同时在美日同盟的框架内让日本发挥更大的作用，承担更多的责任。日本的主要目的是在双边关系中发挥更大作用的同时，在地区和国际事务中开展更积极的双边、多边活动，争取更大的空间和发言权，提升自己的国际地位。双方在合作过程中达到了各自的目的。小泉借助于反恐名正言顺地获得自卫队走出国门的法律权利，并在国内为修改宪法培养了社会氛围。没有反恐战争的背景，他要在国内通过上述法律会遇到不可克服的障碍。根据国防部长唐纳德•拉姆斯菲尔德(Donald Rumsfeld)的“军事革命”主张，2004年8月16日，布什宣布了自朝鲜战争以来最全面的重组美国海外驻军的计划，关于东北亚，布什说：“我们正与我们最强大的盟友一起重构我们的军事存在和指挥结构，同时改善在该地区的能力”。(34)小泉政府立即响应。2004年12月10日，日本防卫厅出台了新版的《防卫计划大纲》，宣布“将建立一支更加灵活机动的部队，使其能够迅速应对恐怖主义活动、导弹袭击和无赖国家”，并首次指名朝鲜和中国是引起日本安全担忧的不确定、不透明因素。(35)2005年2月，美日“2+2”会议就把美日继续合作的主要目的从反恐转向了应对亚洲的新局势，朝鲜半岛和台湾海峡安全问题列为两国的“共同战略目标”。

2005年10月29日，在美日“2+2”会议出台的《美日同盟：面向未来的变革和改组》是这一时期的一个重要文件。文件对美日同盟进行了“再定义”，同盟关系被定位为“应对全球性挑战”，强调为实现地区和全球的共同战略目标而紧密合作，并列出了合作的主要领域。(36)文件重申，“美国在亚太地区的驻军是地区和平和安全不可或缺的一个核心力量，对美日两国都是至关重要的”；同时又表示，要减轻当地社区，尤其是冲绳民众的负担，为此决定采取“一整套措施”，加快搬迁普天间机场。2006年1月的“2+2”会议为落实美军整编的协议制订了“路线图”。双方认为，落实美军整编协议将使同盟的合作进入新阶段。(37)至此，美日同盟的又一次调整完成。

2006年6月底，小泉在执政五年半即将卸任之际访美，做告别之旅。6月29日，美日发表题为《新世纪的美日同盟》的联合声明。声明一开始就异乎寻常地说，小泉的访问是为了“庆祝两位领导人密切的个人友谊和美日两国人民之间深入的不断增长的关系”，盛赞美日同盟“是历史上最富有成果的双边关系之一”。(38)似乎是为同盟的第二次调整做了总结。

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