根据档案文件判断，苏联部长会议科学技术委员会科技合作管理局是在1960年6月初得知将要做出全面撤退专家的决定的，因为从这时起，科技合作事务局局长А.Г.波洛任科夫对待中国驻苏联大使馆提出的聘请专家的申请，一概采取了回避态度。对中国方面所提出的一切请求，波洛任科夫都是这样答复的：“由于是休假期间，所以，看来，要实现这个请求是不可能的”。1960年6月30日，一机部向国务院报告，苏驻华代表留比莫夫通知，不同意延聘今年4月经国务院批准的正在船舶局工作的15名专家。同时，航空工业局副局长段子俊也报告，苏方通知，今后航空专家一律不再延聘。对此，航空工业局拟采取如下措施：一、按专家协议，凡需要聘请和延聘者仍然聘请和延聘；二、虚心学习，尽快掌握技术；三、在军事工业的生产建设和发展尖端技术方面，要做好苏方不再延聘或延期派遣以致全部调走的准备。
在这方面，主管国防科技的副总理聂荣臻有更为深切的体会，也提出了应变的措施。7月3日聂荣臻向中共中央和毛泽东报告：“在中苏关系的新形势下，有关科学技术上的若干问题，应有新的方针和作法。一年多以来，苏联对我国的科学技术援助与合作，处处卡紧，特别是在国防科学技术上已经封门。国民经济中的新技术，也已尽量控制。虽然有很多是两国签订了协议的，苏方却采取一拖、二推、三不理的手法，就是不给。没有订好协议，或我们新提要求的，就更不用问了。很明显，在中苏政治思想的分歧没有取得一致以前，休想在这方面取得援助。”至于在华工作的苏联专家，“有些人态度是好的，有些差一些，个别的很坏”。聂荣臻提出，“要贯彻中央所指示的坚持原则、坚持团结、多做工作的方针，既然请来了，就要充分利用他的长处，尽可能取得一点东西，并在政治上帮助、团结他们。已经满期的专家，好的很难延聘，一般的也不必留。新聘专家，在重要技术方面苏方不肯派来，或者派来的也只作为观察员，加以又有种种限制，很难对我有什么帮助，反而诸多不便，因此也应尽量少提、不提。”报告提出了独立自主、自力更生、立足国内的方针，“对苏联，能学的东西还是尽量地学。但是，苏联这条路在今后一个时期内是越来越狭了。因此，要大力开辟对资本主义国家的科学技术情报工作。”对此，周恩来7月11日批示：“专家问题：一、满期的一般不留，热诚欢送；十分必要而专家本人又好，可提出延聘，如不同意，即不再留。二、未满期的我们一律不退，帮助他们好好工作，他要撤走，留一次，不成，即不再留；如不征求同意即撤走，应表示遗憾。三、新聘的，要少提或不提，十分必要的提出后不同意，即不再提”。
由此可以断言，赫鲁晓夫希望通过全面撤退专家来压服或惩罚中共的想法是在1960年6月产生的，而中国方面也是有心理准备的，只是没想到赫鲁晓夫真会把事情做得如此绝情和不顾信义。
通过不断往来的政府照会，中苏双方一面互相指责，推卸责任，一面强调各自的维护两国团结的立场。不过，在这个过程中，撤退专家的进程却丝毫没有停顿。
苏联专家撤退前都集中在北京待命，外国专家局便每天在友谊宾馆安排演出歌舞、戏剧，还为他们准备回国时送给亲友的礼品。苏联专家特别喜欢中国的清凉油和鸡毛掸，因需要量大，北京地区脱销，周恩来亲自命令到外地组织货源。周恩来的确与苏联专家有着深厚的感情，因为在外地，他没有赶上陈毅外长为专家举行的欢送宴会，回到北京后，坚持要以他个人的名义再举行一次宴会，并要求在24小时内做好一切准备。8月16日，周恩来在人民大会堂为即将回国的苏联专家举行了告别宴会，并巡回各桌，向每一位专家祝了酒，对他们为中国的社会主义建设做出的巨大贡献表示诚挚的感谢。他回顾了中苏两党、两国人民的传统友谊，动情地说：“我们分开了，但相信两国、两国人民的友谊是永恒的。”在座的苏联专家深受感动，有些人还流下了眼泪。
不过，苏联军事专家要在公开场合拘谨得多。7月31日出席建军节招待会的苏联军事专家表现与平常完全不同，“拘谨、冷淡、沉默”，尽量避免谈话，很少喝酒，也不主动敬酒。8月1日晚，中方在军事博物馆举行联欢晚会，邀请苏联军事专家参加，但到会的只有20余人，其中将军只有一人，情况并不热烈。8月3日国务院再次组织友谊联欢晚会，军事专家及其夫人、小孩都全部出席，情绪稍好。但军事专家组组长П.巴托夫却很少笑容，既不多说话，也不主动敬酒，宴会后不打招呼就走了。
说到人民之间的感情，周恩来所谈绝非妄言，那确实是真挚的，动人的。尽管在政治运动中的确存在一些对苏联专家不尊重、不友好的表现，但从总体上看，中国的广大干部和群众对苏联专家的感情是深厚的，态度是诚恳的，评价也是公正的。接受笔者采访的所有当事人，几乎都不约而同地谈到了这一点。很多老干部和老工人回想中苏合作时的情景，都认为“那时中苏团结一心，生产蒸蒸日上，真是一个辉煌的时期啊”，他们表示特别怀念那段日子。而接受凯佩尔教授采访的大多数苏联专家也同样认为“在实际工作中两国关系是真诚的”，他们“对中国人的工作感到满意”，也欣赏中华民族的质朴风格。苏联专家撤离时的动人场面可以说明这一点。
大连造船厂的专家撤退前，没有按照苏联政府要求的将全部图纸和资料带走，而是把正在生产制造的导弹潜艇、反潜护卫艇的所有图纸和资料都交给中国技术人员，让他们尽量抄写和记录，说能留多少就留多少，能记多少就记多少，他们不想就这样把图纸、资料带走。在二○二厂负责培训中方核部件研制人员的有30多位苏联专家，他们听到撤离的消息后，很多人向中国技术人员表示，中国需要了解的东西，他们知道什么就告诉什么，能留下多少，就留下多少，绝不保留，他们把这种作法叫“挤牛奶”。在海军工作的许多专家临走前表示了依依惜别之情，一位曾得过列宁奖章的苏联战斗英雄还流下了眼泪，甚至有人到了火车站还把一个小纸团塞给送行的中国人员——那是中方曾向他索要的技术资料。
这种情况之普遍，以致国务院专门为此发出通知，对于主动提供技术资料，甚至亲自动手帮助抄录资料的苏联专家，“必须尽一切可能，采取切实有效的措施，加以保护，以免造成对他们返国后的不利情况”。《通知》要求：一、各单位不要向专家索取原来属于专家所有的技术资料、工作笔记和教材等，除非专家主动借给或送给。二、对于向专家借来的资料进行抄录或拍照时，应严格保密，注意务使资料保持原状，必须选择政治上绝对可靠的人员去做，并禁止在专家招待所内进行。三、所借资料一定要将原件按时归还，不可拖延时日，以便保护专家。四、切忌对个别专家表示出过分的热情，凡需要避嫌的地方，都不要勉强行事，以免引起不良后果。
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