19世纪以后，浩罕进入强盛时期，成为当时中亚三大汗国之一。随着浩罕的强大和扩张，浩罕逐渐由清朝的藩属变成了边患，开始唆使、操纵甚至直接参与和卓后裔的叛乱活动。从嘉庆二十五年到道光六年(1820-1826)，张格尔在浩罕支持下，先后四次侵入天山南路。浩罕封建主表面上仍与清当局周旋，但在暗地里仍继续支持张格尔滋事。道光五年春，张格尔一度表示要投诚，浩罕伯克曾寄信给张格尔，“劝其未可轻投，许以派兵相助”。面对日益紧张的边界局势，清当局并没有清醒的估计，根本不相信浩罕敢于与“天朝”对抗。道光六年(1826)夏，张格尔伙同浩罕头目爱萨由潜入境内，纠集同伙及白山派信徒，围攻喀什噶尔城，清政府对南疆西四城周围地区基本失去控制。张格尔久攻喀什噶尔汉城不下，担心伊犁清军援兵到，遂向浩罕求援，许诺“四城破，子女、玉帛共之，且割喀城酬劳”。浩罕迈买底里汗于是亲率军队前来攻打喀什噶尔。张格尔本人及其所率浩罕兵和布鲁特兵大肆杀、掠、淫、烧，遭到人民群众的强烈反抗。清军在当地人民的配合下，剿灭叛军，活捉张格尔。

此时浩罕国力鼎盛，加紧东扩，不断利用和卓后裔入侵清朝新疆。道光十年(1830)夏，浩罕迈买底里汗挟持张格尔之兄玉素普入侵清朝。玉素普本来流落在布哈拉当阿訇，他认为：“我上喀什噶尔去，连一个高粱馕都不值。”但迈买底里汗设计把他“请”到浩罕。浩罕的这次入侵，受到当地军民的有力抗击;布哈拉统治者又趁机攻打浩罕，逼使浩罕统治者仓皇撒军，时值严冬，冻死多人。傀儡玉素普五个月后也死于浩罕。道光二十七年(1847)又发生了“七和卓之乱”。所谓“七和卓”即卡塔条勒、倭里罕、克齐克罕、塔瓦克尔、萨比尔罕、阿克恰干、伊善罕，均为玉素普的子侄辈。他们从浩罕出发，纠集了约千余骑兵，突入喀什噶尔地区。这是一伙贪财好色之徒，在所占地区烧杀掳掠，“这些受浩罕人包围、沉溺于腐化堕落的和卓们，既不能赢得人们的爱戴，又不能威慑住当地人民”。在清军的强大攻势下，他们携带着掠夺得来的财物，胁迫广大居民向浩罕逃跑。

咸丰年间(1851-1861)，和卓后裔在浩罕统治者支持下不断窜犯中国西部边陲，烧杀掳掠，无恶不作，激起人民深恶痛绝。但多为流寇式的骚扰，其中较大的一次为咸丰七年(1857)“倭里罕之乱”，它不仅得到浩罕统治者的支持，并且也被沙俄支持和利用，但是却得不到当地人民的支持，不到四个月就在清军进剿下又逃回浩罕。倭里罕几次窜犯失败，神经失常。

清朝统一西域后，和卓问题一直是西北边疆地区不安定的主要因素。在浩罕唆使、操纵下，流亡在中亚的和卓后裔不断发动入侵、叛乱，给当地人民生活和清朝边疆建设带来了沉重灾难，但在清朝的坚决打击下，均以失败告终。和卓后裔的反叛活动很难说是“复辟”。这不仅是因为在天山南路未曾出现过一个和卓政权，而且这些和卓后裔的反叛活动也只是得到了塔里木盆地西部部分白山派信徒的响应，带有明显的教派色彩。虽然当时人民不满于清朝的腐败统治，出现过多种形式的反抗活动，但当和卓后裔从事反叛活动时，并未得到当地多数人民的拥戴，其支持者主要限于白山派信徒，而遭到了黑山派信徒的反对。和卓骚乱是浩罕封建主操纵、利用的结果，实质上是浩罕利用和卓入侵我国西北边疆。

三、西北边疆危机与新疆建省

1840年鸦片战争打破了传统中国的“大一统”体系，清王朝统治下的中华帝国从此沦为西方列强入侵、掠夺的对象;一系列不平等条约迫使中国一步步沦为半殖民地半封建社会，屈辱地纳入到近代国际关系的体系中。随着列强入侵的日渐加剧，中国的主权和领土完整受到了极大损害，出现了严重的边疆危机。

(一)阿古柏入侵与西北边疆危机

当英法列强以船坚炮利打开了清朝海防大门的时候，沙俄侵略者则从东北和西北两个方向对我边疆领土蚕食鲸吞。俄国觊觎中国领土由来已久，早在17世纪已侵入中国北方边疆地区，遭到了边疆各民族及清朝政府的有力抵抗。19世纪以后，随着近代工业的发展，沙俄加紧了对外扩张和侵略，由西伯利亚南下哈萨克草原，积极向中亚诸汗国和中国扩张，侵入了中国巴尔喀什湖以东以南地区。鸦片战争后，沙俄在对中国东北边境加紧侵略的同时，对西北边疆展开了全面的、大规模的侵略活动，先后逼迫清朝政府签订了《中俄伊犁塔尔巴通商章程》、《中俄北京条约》、《中俄勘分西北界约记》及相关子约等一系列不平等条约，强行割占了巴尔喀什湖以东以南的44万平方公里的中国领土，并获取了大量政治、经济特权。

俄国的南下政策及其在中亚的扩张与英国在亚洲的殖民利益相冲突。在沙俄南侵中亚及清朝西北的同时，英国也从印度北上，占领阿富汗，染指中亚和新疆事务，在这一地区与俄国相角逐。

同治三年(1864)，在全国各地风起云涌的农民起义的推动下，新疆爆发了反清大起义，烽火燃遍天山南北，清政府对新疆大部分地区失去控制。但起义领导权很快落入当地封建贵族、宗教上层人士手中，农民起义演变为“圣战”旗号下的封建割据混战。喀什噶尔情况尤为复杂，各派势力都想占据回城。布鲁特头目思的克竟遣人往浩罕迎请流亡在那里的和卓后裔，企图借助白山派和卓后裔的宗教影响，达到自己控制喀什噶尔目的。

当时俄军已攻占浩罕的奇姆肯特，兵临塔什干城下，浩罕已面临亡国的危险，但其统治者仍不愿放过对南疆侵略的机会。浩罕摄政毛拉阿里木库里找来匿居浩罕的张格尔之子布察鲁克，宣布任命布素鲁克为喀什噶尔的汗，但所有军事、行政、司法等一切权力均由浩罕军官阿古柏执掌，布素鲁克不得干预;又命令布素鲁克对此立下誓约。阿古柏并非贵胄，但在浩罕不稳定的政局中善于应变投机，地位不断上升，成为有实力的军官。他在浩罕搜罗了一批歹徒，组成自己的亲随，于同治三年十二月(1865年1月)拥布素鲁克侵入新疆。思的克把布素鲁克迎进喀什噶尔回城，但对阿古柏不请自到极为不满。不久，思的克与阿古柏反目，兵戎相见。阿古柏获胜，控制了喀什噶尔;思的克兵败出亡。阿古柏窃居喀什噶尔回城，以此为根据地，逐一击破南疆其他割据势力，控制了新疆大半地区。

在阿古柏侵入南疆初期，曾拥立布素鲁克和卓来争取广大白山派信徒的支持，扩大影响，壮大实力。但当他在这一地区站稳脚跟后，就把布素鲁克软禁于英吉沙尔，旋又以“朝觐”名义，把他驱逐出境。这位和卓其终不详。另一个和卓倭里罕也被阿古柏秘密处死。这表明，到19世纪60年代，曾在西域历史舞台上发挥重要影响的和卓家族宗教势力，不仅在实际上而且在名义上完全消失其作用;对外国侵略者来说，他们连作傀儡的价值也没有了。于是阿古柏自封为“巴达吾来特阿孜”(意为“洪福之王”)，建立所谓“哲德沙尔”(意为“七城”)国。阿古柏政权的高级官员如米尔扎、米尔扎巴什、阿奇木及各驻地司令官、派遣军指挥官，绝大多数是外来者、浩罕汗国人，因此“把阿古柏政权断定为维吾尔族的政权是有困难的”。作为入侵者的阿古柏出于其统治的需要，在新疆地区大肆修建清真寺等宗教建筑，掀起狂热的宗教情绪，造成了伊斯兰文明繁荣的假象。俄国史料揭露，阿古柏政权的支柱是“从浩罕、塔什干、布哈拉、甚至是从印度和阿富汗逃亡来的坏蛋”。维吾尔语察合台文献则把阿古柏匪帮称作“安集延坏蛋”，“纵马于大街小巷，不分青红皂白地乱砍乱杀，天明之前男女老幼全部让屠杀了”。

新疆动乱与阿古柏入侵为俄、英侵略新疆提供了可乘之机。新疆反清暴动发生后，沙俄密切关注事态发展，向清朝伊犁地区步步进逼，于同治十年(1871)以防御俄国边境被侵扰为名，公然出兵新疆，武装侵占了伊犁地区。在阿古柏入侵新疆后不久，沙俄击破浩罕，夺取其北方领土，使沙俄与清朝的边境线延伸到南疆。阿古柏为换取沙俄的承认，与沙俄达成非正式协议，约定双方互不干涉对方行动，并允许对方各有入境追捕逃犯的权利。同治十一年(1872)，阿古柏更与沙俄订立了《俄国与喀什噶尔条约》，俄承认阿古柏为“哲德沙尔”君主，俄商获得了在此地经商、设置贸易代表等特权。沙俄企图通过阿古柏侵入南疆，进而达到其侵占全新疆的目的。

这一时期，沙俄加紧了对中亚三汗国的征服，英、俄在中亚的角逐日趋激烈。随着英国于是企图通过扶持阿古柏政权，在新疆建立一个独立于清朝的“伊斯兰国家”，使其成为俄国与英属印度的“缓冲国”，并从这一地区攫取巨大的政治、经济利益。新疆成为英、俄侵略者争夺的焦点。而阿古柏也迫切希望得到英俄两国对他侵占新疆的承认与支持。阿古柏与英国殖民者的勾结更加紧密。阿古柏多次派人到印度和英国，请求英印当局和英国女王的承认与支持。英国乘机加紧对新疆地区的侵略，多次派遗使团往喀什噶尔，给阿古柏大量武器装备和物资援助。同治十三年(1874)，英国与阿古柏签订《英国与喀什噶尔条约》，规定英国承认阿古柏为喀什噶尔与叶尔羌的艾米尔，阿古柏则给予英国更优于俄国的特权，即允许英国在喀什噶尔设“大使”、“领事”，并可以“置产”。

阿古柏入侵、沙俄对伊犁的侵占，以及英、俄在新疆的角逐，使这一地区局势日益恶化。中国国土沦丧，主权损失，新疆陷入日渐严重的危机之中。

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