二、清朝对西域的管理与统治
乾隆二十四年(1759年)，清朝平定准噶尔及大小和卓之乱，完成了对西域的统一。清政府明确宣布“准噶尔荡平，凡有旧游牧，皆我版图”，将包括天山南北、阿尔泰山东西，一直到帕米尔高原和巴尔喀什湖以东以南的广大西域地区置于清朝的有效统辖之下。清人以西域新归，又称新疆或西域新疆。
(一)清朝对西域的管理
清太祖努尔哈赤建国，创立军政合一的八旗制度，对满洲各部及陆续归降的蒙古、汉人实行八旗组织管理。至清太宗皇太极时，又增设蒙古八旗和汉军八旗。同时，开始依仿明制，改订中枢官制，建内三院和六部二院。入关后，清承明制，采用明朝行省、州、县行政体制，对广大内地(包括西南地区)实行直省统治。
清朝对北部和西部边疆民族地区实行的是不同于内地行省制的藩部管理模式。清朝所谓藩部，在地域范围上指内外蒙古、新疆和西藏，是相对于清朝直省统治的内地和东北而言。藩部与内地同属清朝版图，只是在管理模式上有所不同。清朝本着“因俗而治”的原则，对各藩部原有社会组织、职官制度加以改造、利用，将其纳入清朝行政体制中，并于中央设立与六部平行的理藩院来管理藩部事务。同时清廷又派出将军、都统、大臣等驻扎边疆地区，代表朝廷处理有关军政大事;藩部受驻防将军、大臣的节制，保证了清朝的有效统治。清朝的藩部统治模式始于对蒙古的统治。早在入关前，在统一蒙古的过程中，即依仿八旗组织形式，结合蒙古原有社会组织特点，对归附的蒙古各部进行编旗，每旗设扎萨克一人执政。扎萨克由清朝皇帝封授蒙古王公贵族充任，对本部的事务有较多的自主权，可世袭，但须由朝廷任命。同时推行盟会制度，由若干扎萨克旗组成一个盟。随着对漠北喀尔喀蒙古和青海蒙古的统一，清朝也把扎萨克旗管理模式推广到这些地区。
清朝在统一西域的进程中，开始将扎萨克旗制推行到天山南北。康熙三十六年(1697)哈密首领额贝都拉内附，清朝“诏以额贝都拉为一等扎萨克”，以其子“郭帕伯克为二等伯克，协理旗务”，次年“遗使赴哈密，编旗队，设管旗章京、参领、佐领、骁骑校各员”。后吐鲁番额敏和卓亦率众内附，为躲避准噶尔侵扰，清将其迁往瓜州，“乾隆十九年(1754)遣赴瓜州编旗队，置管旗章京、副管旗章京、参领、佐领、骁骑校各员，如哈密例”。准噶尔汗国末年内讧不断，乾隆十七年(1753)杜尔伯特部首领车凌、车凌乌巴什、车凌蒙克率部万余东投清朝，次年清廷分别封三人为亲王、郡王和贝勒，以其部属编设13个扎萨克旗，安置于乌里雅苏台游牧。乾隆十九年(1754)阿睦尔撒纳率部降清，被封亲王，部属亦编扎萨克旗安置。次年清军兵进伊犁，平达瓦齐政权。出兵前清廷已确定了“众建以分其势”的统治方针，平定后即“按其四部分封四汗”，分别管理，推行扎萨克旗制。后阿睦尔撒纳叛清，清廷在进行军事平叛的同时，即重封四部汗王及扎萨克，坚持实行扎萨克旗制。平定准噶尔后，以前迁往伏尔加河流域游牧的卫拉特土尔扈特部在其首领渥巴锡率领下东归。清朝对此非常重视，礼遇有加，封渥巴锡为汗，其余王公贵族为郡王、贝勒、贝子等爵，并对其部属编旗设盟，纳入藩部管理体系。
对于天山以南的回部，如前所述，清朝最初同样实行的是扎萨克旗制，先后在哈密、吐鲁番地区设立盟旗。但后来随着大小和卓的叛乱以及对回部社会了解的深入，清朝改变了这一既定政策。乾隆帝明确指示：“若平定叶尔羌、喀什噶尔，办理安插回众时，朕意不必用回人为总管。仍循其旧制，各城分设头目，统于驻扎伊犁之将军;再于库车、派大臣一员管理。” 清朝统一西域前，回部各地存在着大小不等的各级伯克，负责管理生产、田亩、税赋及诉讼等事务。清朝统一后，本着“因俗而治”的原则，在这些地区沿用了旧有的伯克官职，并作了一定程度的改革，制定了一整套比较完整的伯克制度。清朝保留了伯克旧的一些特权，但废除了旧有的伯克世袭制，把各种伯克的任免权收清廷，同时为各级伯克制定品级，伯克纳入清朝官员系统。清朝在回部地区实行政教分离，在人事上实行回避制度，使之更加符合清朝统一边疆、治理边疆的需要。伯克制是清朝官制系统与当地实际情况相结合的产物，也是清朝藩部体系的重要内容。
清朝统一西域后，鉴于天山北路东部从巴里坤到乌鲁木齐沿天山北坡的广大地区人口稀少，陆续从河西、陇东各府县招募无业贫民，迁入巴里坤、乌鲁木齐等地屯住。而这些地区因长期驻防绿营官兵及其眷属，内地前来经商和服役的人数也不断增加，至乾隆末年，该地以汉、回族为主的农民已达20万左右。因此，这一地区在政治、经济、文化等方面都与内地有相同或相似。清朝根据这一实际情况，采取因地制宜的政策，在东部地区推行了和内地相同的府县制。初于巴里坤、乌鲁木齐设直隶厅管理移民事务。后随着移民人口的增加和耕地面积的扩大，改于巴里坤设镇西府，于乌鲁木齐设迪化直隶州;于乌鲁木齐设镇迪道，辖迪化州和镇西府。镇迪道在行政上隶属于陕甘总督，同时又受清驻当地军事长官节制。
为加强对西北边疆的统治，清朝在伊犁设立总统伊犁等处将军(简称伊犁将军)，统辖包括天山南北及巴尔喀什湖以东以南直到帕米尔的广大西域地区。清朝明确规定，“伊犁为新疆汇总之区，既经设立将军，凡乌鲁木齐、巴里坤所有满洲、索伦、察哈尔、绿旗官兵，皆听将军总统调遣。至回部与伊犂相通，自叶尔羌、喀什噶尔以至哈密等处，驻扎官兵亦归将军兼管。其地方事务有各处驻扎大臣仍照旧例办理。再，叶尔羌、喀什噶尔等回城，皆在边陲，如有应调伊犁官兵之处，亦准各处大臣咨商将军，就近调拨。”伊犁将军为当时新疆最高军事长官，兼管行政，统治天山南北。在伊犁将军下设立各级军政机构，在伊犁将军的节制下，听从中央政府的统一管理，对西北边疆的军政事务进行有效的管理。伊犁将军的设立及各级军政机构的建立，巩固了清朝统一西北的成果，维护了西北边疆的统一，促进了边疆秩序的稳定，有利于边疆的开发建设。
清朝以蒙古、新疆、西藏等边疆民族地区为藩部，是对中国传统边疆区域治理的继承与发展。作为清朝版图的重要组成部分，藩部与境外属国(即与清朝保持宗藩关系)或朝贡国有内外之别，二者之间有着本质的不同。而在施政管理方面，藩部又与内地直省存在着差异。清朝把藩部与直省行政区域区分开来，本着“因俗而治”、“分而治之”的原则，根据边疆民族地区的实际情况，采取与连续实际情况相适应的管理方式，并统之以理藩院和边疆驻防将军、大臣，建立起藩部管理体系。通过实行严格的封禁政策，清朝将直省与藩部隔离开来。藩部管理模式既有对中国传统边疆治理经验的继承和吸收，又有其创新与发展。它有利于清朝对边疆民族地区的有效统治，巩固并加强了边疆的稳定与统一，但是过于强调藩部特殊性，采用特殊的统治政策，也具有一定的消极影响。特别是民族隔离政策和封禁政策，阻碍了边疆与内地、边疆民族与内地民族及边疆之间的政治、经济、文化等多方面的交流，不利于边疆地区的建设和边疆民族的发展。
(二)和卓后裔与清朝西北边患
在清朝统一天山南北的进程中，西北沿边的哈萨克、布鲁特、浩罕、八达克山、爱乌罕等部相继遣使入贡，向清朝表示臣属。清朝“俱照外藩属国之例”，“不过覊縻服属，如安南、琉球、暹罗诸国，俾通天朝声教而已，并非欲郡县其地，张官置吏，亦非如喀尔喀之分旂编设佐领”，“但能约束所部，永守边界，不生事端”，即不予干涉。
清军平定大小和卓叛乱时，大和卓波罗泥都幼子萨木萨克年仅五岁，被乳母携带逃亡安集延，为浩罕收留。浩罕政权是乌兹别克明格(Ming)部创建，东与中国相接;此时虽已向清表示臣属，但仍拒不交出萨木萨克。清虽多次交涉，然终无结果。浩罕统治者认为萨木萨克乃和卓后裔，“视为奇货可居”，只待时机。但当时清朝国势强盛，浩罕统治者尚不敢动用萨木萨克的“和卓”身份，进犯中国。萨木萨克在默默中死去，留下了三个儿子：玉素普、张格尔、巴布顶。
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