沙马诺夫后来离开第76师到伏龙芝参谋学院学习，并于1989年毕业。1990年，他成为驻扎在基什尼奥夫的第98空降师第300团（现驻扎在摩尔多瓦首都基希讷乌）的副团长。这个团的团长是科尔•马科夫上校（后来也成为空降兵部队司令）。有人指出，沙马诺夫在第98师并不成功，主要是因为他不是一名参加过阿富汗战争的老兵。尽管如此，他还在1991年再次得到提升，成为现已解散的第104师第328团的团长。虽然在这个岗位上，他还是申请到久负盛名的伏龙芝总参学院的学习。然而，他的上司没有批准其调动，沙马诺夫一拳打在其上司的脸上！

在1994年的第一次车臣战争期间，沙马诺夫是第7空降师的参谋长。1995年3月，仍然是在车臣，沙马诺夫被任命为该师内部的一支作战特遣部队的负责人。当沙马诺夫在这个岗位上时，因其手下部队于1995年10月在相邻的印古什共和国执行军事行动，他受到指控。在这里他的部队误以为斯列普托夫斯克（Sleptovsk）机场已经被叛军占领，乘直升机降落后，发起了立即生效的攻击。他们在交战中的胡乱射击，导致一名出租车司机死亡。随后的俄罗斯国家杜马大赦，撤销了对沙马诺夫的指控。

沙马诺夫的下一次提升使其离开了空降兵部队，也是在1995年10月，他成为车臣部队的副司令，同时兼任北高加索军区（North Caucasus Military District）第58集团军的副军长。

沙马诺夫的好运在继续，最终于1996年7月被派往总参学院学习。他在随后的一段时间不在车臣意味着他避免了被羞辱——不像其他许多军官那样——在1996年8月签订“哈萨维尤尔特协议”（Khasavyurt Accord）后，俄罗斯军队尴尬地撤出车臣大部分地区。叶利钦不顾军队中许多人的愿意，已经与车臣人谈妥了这项协议。

沙马诺夫于1998年从伏龙芝参谋学院毕业，然后被任命莫斯科军区（Moscow Military District）的第20集团军参谋长兼副军长。然而，他几乎马上就被派往高加索，再次成为第58集团军军长兼北高加索联邦军队联合分遣部队西部军团指挥官。后来，他担任整个联合分遣部队的指挥官。

沙马诺夫取得的最大成绩是作为主要指挥官筹划了1999-2000年的第二次车臣战争,与第一次车臣战争冲突相比，这场战争更加迅速和猛烈地粉碎了车臣反对派武装。这次1999年重新进行的车臣战争迎合了军队内部许多想要报复车臣人和挽回1996年撤军屈辱的人员。同样，这场战争也令参加此次军事胜利后随即进行的总统选举的普京感到满意。普京在1999年担任总理，一直是再次到车臣作战的主要政治提议者。事实上，这次新的战争如此迅速的结束，给普京带来巨大的政治影响力，足以确保其轻易在2000年的总统选举中获胜。因此，这位新总统非常感谢沙马诺夫。这位将军还受到其他方面的称赞，并继续沉浸在一致好评中。

沙马诺夫军事意义上的声誉在于，他被看成在车臣实际完成这项工作的将领。沙马诺夫的作战方法存在问题，在交战中他倾向于火力占到绝对优势，不顾战斗人员和非战斗人员间的任何区别。然而，沙马诺夫似乎并没有因其方法造成平民伤亡而受到过分关注。在他看来，战争就是战争——无论这场战争是常规战争，还是反游击战争，他的作战方法都是一样的。

沙马诺夫在车臣的作战哲学肯定不会得到某些军人的赞同。沙马诺夫的上级根纳季•特罗舍夫（Gennadiy Troshev）上将，负责指挥俄罗斯国防部在车臣的军团，斥责沙马诺夫野蛮和过度使用武力。特罗舍夫此前指挥第一次车臣战争的东部军团，并且有意识地避免沙马诺夫首选的不分青红皂白的袭击。但是特罗舍夫的做法导致了第一次车臣战争代价巨大的拖延，而沙马诺夫用自己的办法避免了在第二次车臣战争中再次出现这种拖延。

俄罗斯其他高级军官也反对沙马诺夫的做法。普京总统的顾问阿斯兰别克•阿斯拉哈诺夫（Aslanbek Aslakhanov）大将称沙马诺夫为“屠夫”。当沙马诺夫那时的上级——北高加索军区司令维克多•卡赞采夫（Viktor Kazantsev）上将试图限制他时，收到答复：“这不用你教我！”

此外，据称沙马诺夫同1999年车臣阿尔卡汉-约特（Alkhan-Yurt）的俄罗斯军队大屠杀有关系（然而沙马诺夫因这次行动实际上获得了俄罗斯联邦英雄奖章）。沙马诺夫在接受女记者安娜•波利特科夫斯卡娅（Anna Politkovskaya, 后来被谋杀）采访时说，“视好战分子的妻子和子女像他们的丈夫和父亲一样，同样为匪徒，我对有人可能看法不同而感到惊讶。”沙马诺夫后来还毫无顾忌地支持尤里•布达诺夫（Yuriy Budanov）上校，这名军官因犯下扼杀一名车臣女孩的斯臭名昭著罪行而被判有罪。此外，欧洲人权法院（European Court of Human Rights）一直认为，沙马诺夫应对非常严重的侵犯人权行为负责任。诺贝尔和平奖得主物理学家安德烈•萨哈罗夫（Andrei Sakharov）也指控沙马诺夫具有严重的仇外倾向。

因此，沙马诺夫并不是天使，也不是权力的趋炎附势者。他似乎并不关心战争造成的人员伤亡，无论敌人还是非战斗人员，甚至是其自己的人员。他也似乎更喜欢使用压倒性的火力，而不是更加微妙的实现军事成功的方法。他是一个负有某些严重战争罪行的人。这就是弗拉基米尔•沙马诺夫“丰富多彩”的过去。尽管沙马诺夫因其在车臣的行为获得普遍指责，但是他一直受到对其感激的普京的保护。沙马诺夫已经取得了基本上使普京登上总统宝座的成果。但是，即使是普京，其权力也有局限性，并不总是能够保护他的将领。例如，2000年8月，俄罗斯军队高层努力用自己的方式迫使沙马诺夫提前退役。因为“健康原因”，沙马诺夫正式离开车臣和军队。

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