但1525年宗教改革运动初期，路德在德国对农民战争的回应表明，他认为一个世俗化政治的理论不一定能成为和平与民主的力量。反抗德国贵族集权政策的农民——他们被剥夺了一向的权利——正被政府残忍的屠杀。路德认为，他们犯了把宗教和政治混为一谈的大忌：苦难是命不由己，他们应把另一边脸也转过来，接受他们生活的失意和财产的损失。“一个世俗国家，”他坚持说，“没有人与人之间的不平等，世俗的国家就无法存在。有人自由，就有人深陷囹圄;有人高高在上，就有人为奴为婢。”因此，路德告诉君王们，“让每一个力所能及的，不管月黑风高还是光天化日，都高举战旗，奋勇杀敌，铤刺戮贼，都要记住，没有什么比背叛更阴毒、更贻害、更邪恶。”
自由国家的曙光
到了17世纪末，哲学家们设想到一种更温文尔雅的世俗理想。洛克认为，“教会与国家绝对区别，其边界固定不变，不可改易”，这是不言而喻的。他还认为，政教分离——“完全地、极其地相互迥异”——是事物的本质。但自由国家是一种激进的革新，其革命性如同自西方一产生就迅速席卷全球的市场经济。由于宗教所引起的狂热的激情，洛克坚持认为，政教分离对于创造和平社会“极其必要”。
因此，洛克坚持认为自由国家既不能容忍天主教徒，也不能容忍穆斯林，他谴责政治与宗教混杂不清是危险而有害的。洛克是天赋人权理论的主要提倡者，文艺复兴时期的人文主义先驱，率先为美国《独立宣言》初稿中的生命、自由和财产赋予定义。但是，政教分离论出现在欧洲最初殖民新大陆的时期，这对于西方对殖民地的看法引起了相当大的影响——正如在当代，盛行的世俗理论将穆斯林社会不能实现政教分离视为不可救药的过错。
这引出了一个矛盾，因为对文艺复兴时期的人文主义者而言，并不存在将这些自然权利扩展到新世界原住民的问题。事实上，这些人可能因未符合欧洲标准而正大光明地受到惩罚。16世纪，牛津大学法学教授阿尔贝里科·贞提利主张，没有被农业开发的土地，应被视为“无主之地”，就像在欧洲，“占用(这类)空置土地”应当“视为自然常理”一样。洛克认为，原住民没有生命、自由或财产权利。他判定，美洲的“国王”，不具有对自己领地的合法权利。他还赞同奴隶主对奴隶拥有“绝对的、任意的、独裁的权力”，这包括“随时让奴隶去死的权力”。世俗主义的先驱似乎和他们的宗教前辈一样，陷入了同样的陈腔滥调。世俗主义的目的是要创造一个和平的世界秩序，但教会是如此错综复杂地纠缠在经济、政治和社会文化结构中，这使得世俗秩序的建立只能依靠暴力的方法。在北美，没有根深蒂固的贵族政府，各教会的政教分离可以实现得相对容易。但在法国，教会只能经由奇袭和突击来瓦解;宗教和政治的分离是一个满布疮痍的、令人恐怖的过程，而绝非是一种自然而然的、循序渐进的演变。
法国大革命时期，国民制宪议会于1789年11月2日召开的首项举措，就是要没收所有教会财产来偿还国债：政教分离还意味着剥夺、屈辱和边缘化。这在1792年九月大屠杀中延续为彻底的暴力事件，暴民攻陷巴黎的监狱，对两三千名囚犯大肆屠杀，他们中的许多人都是牧师。1794年初，四支革命军从巴黎出发前往旺代省，平息抗议政府反天主教政策的起义。他们收到的指令是要不遗余力地镇压暴动的农民。据传，当战斗结束时，弗朗索瓦·约瑟夫·韦斯特曼致信其长官道：“旺代省不复存焉。我们的铁蹄践踏着幼孩的尸骨，我们的长枪刺穿妇女的胸膛……道满残骸，尸横遍野。”
讽刺的是，革命者刚刚摆脱了一个信仰，就又发明了另一个。他们新的上帝是自由、自然与法兰西民族，他们在精心筹划的节日里跳起艺术家雅克·路易·大卫编排的舞蹈，来表达对新信仰的敬奉。同年，理性的女神登上巴黎圣母院高耸的祭坛，而恐怖统治使这个新生的民族国家笼罩在一片腥风血雨之中，有近17000男人、女人、小孩被政府执行死刑。
为国捐躯
当拿破仑的军队在1807年侵入普鲁士，哲学家约翰·戈特利布·费希特同样呼吁他的同胞为祖国舍身忘死——这是崇高精神的伟大体现，是日耳曼民族神圣本性的集中展示。如果我们把时刻准备为之牺牲的东西定义为信仰，那么正是这个被本尼迪克特·安德森称之为“想象的共同体”的“民族”取代了上帝。于是如今，为国赴死受万代歌颂，而为宗教信仰牺牲则不然。
随着19世纪以来民族国家伴随工业革命蒸蒸日上，她的人民已经更加紧密的联系起来，并且能为工业生产而更好的组织动员。现代通信技术帮助政府建立和传播民族气质与国家精神，并且使得国家政治前所未有的渗入到了人民大众的生活中。即使他们与统治者讲不同的语言，现在，无论他们喜欢与否，国民属于“国家”。约翰·斯图亚特·穆勒把这种国家强制力的整合看成是一种进步。他认为，这对布列塔尼人②来说无疑是有益的，“落后时代的半野蛮遗民”成为法国公民，自然好过“固步自封，抱守向隅之憾”。但到19世纪后期，英国历史学家阿克顿勋爵担心民族精神过分强调民族渊源、文化和语言，将会使那些与国家基调不相吻合的族群处于不利地位：“所以，根据人性和文明的发展程度，优势群体会因此要求全部的社会权利，而弱势群体会被消灭或沦为奴役，置于一种依赖性地位。”
把促进人类平等、民主、人权、理性、政治自由、现代世俗理想同“宗教”联系起来的想法，被启蒙思想家们反斥为褊狭和顽固，而这种想法在过去的宗教表述中曾得到发扬。但是，农业国家的结构性不公，使人们无法充分落实这些理想。民族国家使这些崇高的理想有了实现的可能性。越来越多的人不得不参与到生产过程中去，并且或多或少被提出了教育要求。最终，他们提出参与政府决策的权利要求。反复试验之后，人们发现那些推动民主化进程的国家经济稳步向前，而那些拒绝走现代化之路登凌绝顶的国家则落于人后。要进步，就要创新，所以人民得到了思想解放，不受等级、行业或宗教信仰的约束。政府需要充分开发所有的人力资源，即使是诸如欧洲的新教徒、英美的天主教徒这样的“外人”，也被允许进入社会主流。
然而这种宽容只是十分表面的，正如阿克顿勋爵所预言的，对种族和文化的少数群体的狭隘主义将会成为民族国家的软肋。事实上，少数族群将取代异端(经常性挑战社会秩序的群体)成为新生的民族国家所不满的对象。托马斯·杰斐逊，启蒙运动在美国的主要支持者之一，在1807年指示他的战争部长，美洲土著人是“落后的民族”，要么被“消灭”，要么被驱逐，到“连我们也鞭长莫及” 的密西西比河彼岸，与森林野兽为伍。次年，拿破仑颁布了“臭名昭著的法令”，命令法国的犹太人取法国名字，瓦解其宗教信仰③，并确保每个家庭至少有三分之一的婚姻是与非犹太人举行的。随着民族情感成为最高价值，犹太人逐渐变得无家可归、四海漂泊。到19世纪后期，欧洲出现了反犹太主义大爆炸，这无疑是源自几个世纪以来的基督教偏见，只不过给了它一个科学上的理论基础——他们鼓噪犹太人不符合优秀人种生物和遗传图谱，所以应当像现代医学中铲除癌症一样将之从人民国家中驱逐出去。
政教分离论在第三世界兴起时，一如其最初在欧洲所经历的一样，也遭到了深刻的打击。因为它通常与殖民统治相携而来，所以常被看做外来的、邪恶的东西而遭到抵制。在世俗政府已经确立了政教分离目标的地区，宗教以反文化潮流为回应，决心要使宗教力量重返世俗生活。我们称之为“原教旨主义”的运动与残酷、暴力、扩张的政教分离运动一直处于一种共生关系之中。积极进攻的世俗主义屡屡迫使宗教作出暴力反击。我研究了犹太教、基督教和伊斯兰教的每一个原教旨主义运动，其根源无不在于对被湮灭的深刻恐惧，他们相信，自由主义或世俗主义的建立将会摧毁他们的生存方式。这在中东有着悲惨的昭示。
很多时候，现代化的统治者都在展现着政教分离最糟糕的一面，并且使得他们的国民心生不满。穆斯塔法·凯末尔，于1918年创立了世俗主义的土耳其共和国。作为一个开明的穆斯林领袖，凯末尔常常受到西方的欢迎;但在中东，对于许多人来说，他是世俗民族主义残酷性的集中体现。他痛恨伊斯兰教，将其描述为一个“腐烂的尸体”。在土耳其，他宣布取缔苏菲派教团，没收他们的财产，关闭穆斯林学校并将其所得收归国有。他还废除了人们敬爱的哈里发制度，虽然哈里发在政治上形同虚设，但却被视为与先知穆罕默德的纽带。对于诸如基地组织和ISIS等组织，颠覆这一现实已成为首要目标。
凯末尔还继续开展了从前奥斯曼帝国苏丹的种族清洗政策;为了控制不断壮大的商业阶层，他有条不紊地驱逐了亚美尼亚人和讲希腊语的基督徒，这些人占了资产阶级的90%。1909年夺取政权的青年土耳其党人，拥护奥古斯特·孔德的反宗教实证主义，并决心建立一个纯粹的突厥语国家。一战期间，约有一百万亚美尼亚人在20世纪第一起种族灭绝案中被残忍屠杀：男人和青年被当场杀害，女人、小孩和老人则被遣往沙漠，他们或被绞死，或被枪杀，或成饿殍，或遭毒害，或窒息而亡，或活埋而死。有“死刑总督”之称的穆罕默德·雷希德，显然是被新科学激发了灵感，他把亚美尼亚人称作“祖国母亲乳房”里“危险的微生物”。凯末尔完成了此次种族清洗。几个世纪以来，穆斯林和基督徒共同生活在爱琴海的两岸;凯末尔却要划清界限，把希腊基督徒从如今的土耳其领地逐回希腊，而在希腊的操突厥语的穆斯林则被以某种方式遣回。
